Oubliez le Happy End, oubliez donc vos futiles idées sur un monde de paix, car aujourd'hui, votre monde n'est plus à la page de cette nouvelle ère, une ère de Haine, de Vengeance, mais aussi de Justice ! Alors que les cinq grandes nations étaient en paix, un Homme débarqua de nul part, se prétendant ex Epeiste Légendaire, il prit d'une poigne de fer le contrôle de Kiri, avant d'annexer Konoha à sa cause en exécutant le Hokage Mugen. Ce ninja, accompagné de trois autres épeistes, créa une terreur au sein de la nouvelle nation qu'il venait de fonder : Yami no Kuni, une nation plongée dans les abîmes d'un cœur ampli de Haine.

Parallèlement, Suna, Kumo et Iwa fondèrent une nouvelle alliance, reprenant le nom de l'alliance ayant gagnée la Guerre, ils signèrent un nouveau pacte afin de reprendre en main Yami no Kuni et d'y remettre un semblant de clarté. Ils reçurent alors l'appui d'une nouvelle organisation, se fondant sous le symbole de la lune, guidé par le nouvel héritier de la volonté du feu : Senju Ao ! Accompagné de cinq autres héritiers, ils signèrent le pacte sous le nom de Mugetsu.

Désormais, le sort de ce monde repose entre les mains d'une nouvelle alliance, tandis que dans l'ombre se cache l'œil de GrimmJow, l'épeiste au regard pourpre, espionnant les faits et gestes de ses ennemis, tentant de briser le sceau du Gedô Mazô. L'alliance, elle, recrute des ninjas d'exception ! Alors, qui serez-vous ? La bénédiction ou la malédiction ?